Egy vármúzeum létesítésének ötlete már 1941-ben felmerült Füleken. König Kelemen ferences szerzetes „Várbizottságot“ alapított, mely pénzt gyűjtött az alakuló intézményre és a füleki vár régészeti feltárását sürgető kérvényt küldött a Magyar Nemzeti Múzeumba. A munkát dr. Kalmár János régész 1944-ben kezdte meg, de a közelgő front hosszú évekre megszakította nemcsak az ásatásokat, a múzeumalapítás folyamatát is.
Nógrád szlovákiai részének első máig működő múzeuma 1951-ben a füleki Járási Honismereti Múzeum volt, melyet 1960-ban az akkori közigazgatási reform következményeként Városi Múzeummá fokoztak vissza. 1967-ben a városba költözött a Losonci járás Járási Honismereti Múzeuma, mely 1955-ös alapítását követően a gácsi várkastélyban székelt (1971-től Füleki Nógrádi Múzeum név alatt működött). 1976-ban önálló részlegként ehhez csatolták a Városi Múzeumot. 1967 és 1984 között így a városban két állandó kiállítás is látogatható volt: a Városi Múzeum állandó kiállítása a ferences kolostor földszinti helyiségeiben, valamint a Nógrádi Múzeum állandó kiállítása a Vigadó épületében (a Vigadó 1900-ban épült, 1940-től polgári iskola működött benne). 1984-ben a Nógrádi Múzeumot az épület nem megfelelő állapotára hivatkozva Losoncra költöztették, majd 1988-ban lebontották a kolostorban berendezett állandó kiállítást is. A városka, melynek lakosai hosszú időn át két állandó kiállításra is büszkék lehettek, a rendszerváltás évére múzeum nélkül maradt.
1993-ban új fejezete kezdődött a füleki múzeum történetének. A város kérésének elegett tett a SZK Kulturális Minisztériuma, mint a Nógrádi Múzeum akkori fenntartója, és a Városi Múzeum gyűjteményének egy részét, mely akkor már hat éve őrizetlen raktárakban tengődött, a Fülek Városnak ajándékozta. A megújított Városi Múzeum a Városi Művelődési Központ részlegévé vált, mely állandó kiállítását a Vigadó három helyiségében nyitotta meg 1994-ben. 15 év elteltével azonban szükségessé vált az intézmény átszervezése.
A „vármúzeum“ egykori gondolata 2005-ben újra felmerült az önkormányzat fejlesztési tervei között. A 2006-2007-es időszakban lezajlott a város tulajdonában lévő vár Bebek-tornyának műemléki felújítása és a tervezett új funkcióhoz való adaptálása. 2007 áprilisában megalakult a Füleki Vármúzeum, mely kezelésbe kapta úgy az egykori Városi Múzeum gyűjteményeit, mint magát a füleki várat. 2008 augusztusában a Vármúzeum az ötemeletes Bebek-torony alsó három szintjén megnyitotta „A füleki vár évszázadai“ c. kiállítását, mely a vár és a város történetén vezeti végig a látogatót az első írásos emléktől a vár 1682-es lerombolásáig. A vár makettje mellett kiállításra kerültek az erődítmény feltárása során napfényre került középkori és kora újkori régészeti leletek a Szlovák Nemzeti Múzeumból (középkori magyar királyokat és szenteket ábrázoló kályhacsempék), a vár eredeti kulcsai és a Fülek 39 éves török hódoltságából származó tárgyak. Eredetileg a torony alsó szintjén a környék legjelentősebb régészeti lelőhelyeinek bemutatóhelye került kialakításra. A több mint 3000 éves várgedei bronzkincs néhány darabját és a ragyolci bronzkori temető kerámiaanyagának egy részét egyaránt a losonci Nógrádi Múzeum és Galéria kölcsönözte Fülekre. Hatalmas történelmi és esztétikai értékkel bírnak a Perse határában feltárt avar-szláv és honfoglalás kori övveretek is. 2011-ben a „Gerinces ősmaradványok Fülek környékén“ című paleontológiai állandó kiállítás került az alsó szintre, így az imént említett tárgyak egy emelettel feljebb kerültek. 2017-től a Füleki Vármúzeum megújult és korszerűsített állandó kiállítással várja a látogatókat. A paleontológiai tárlat a Fülek környékéről származó, több mint 20 millió éves gerinctelen ősmaradványokkal és növénylenyomatokkal bővült. A környék történelmét bemutató tárgyakat különböző korabeli rekonstrukciók teszik érdekesebbé, mint például a Persén feltárt avar – szláv temető egyik férfi sírja, a bronzkori ünnepi női viselet, vagy II. Koháry István utolsó várkapitány korhű öltözéke. A történelmi tárlatot gazdagítja két, 18. századi szentet ábrázoló, újonnan restaurált olajfestmény is, csak úgy mint az elmúlt évtizedben zajló régészeti feltárások új leletanyaga. A torony negyedik szintjén egy nagyképernyős televíziókkal ellátott, új „pihenősarok“ alakult ki. Itt többek között megtekinthető a füleki vár eredeti állapotát bemutató 3D-s videó-rekonstrukció, illetve különböző rendezvények készült felvételek összeállítása is.
Városi Honismereti Múzeum a Füleki Vármúzeum részlegeként dolgozik tovább. Állandó kiállítását 2008 nyarán bezárták, mert az épület felújításra szorul. A széleskörű felújítást követően a múzeum 2014-ben nyitotta meg új állandó kiállítását „A füleki pálmától a világhírű kakasig“ címmel, mely Fülek 1682 utáni történetét mutatja be. A Vármúzeum időszaki kiállításait a Városi Honismereti Múzeum ún. galériájában és a Bebek-torony legfelső emeletén rendezi.